El documento más antiguo que se conoce en relación con la Eulenmühle es una carta de feudo emitida en 1540 y que se encuentra en los archivos de los príncipes de Fürstenberg.
Los príncipes de Fürstenberg eran los propietarios de la Eulenmühle. Los molineros que explotaban el molino estaban vinculados a la Casa de Fürstenberg por cartas feudales. Como las cartas feudales estaban vinculadas a los derechos de sucesión de las familias de molineros, a menudo algunas familias se sentaban en el molino durante muchas generaciones. Entre ellas, la familia Straub, que se hizo cargo de la Eulenmühle en 1726. A mediados del siglo XVII, el entonces príncipe gobernante de Fürstenberg decretó que los ciudadanos del pueblo de Unadingen sólo podían moler su grano en la Eulenmühle.
En 1867, el molinero de la época, Marx Straub, adquirió el molino como propiedad privada de la casa principesca. La familia Straub siguió vinculada a la Eulenmühle hasta su cierre y venta en 1973. En el siglo XX, sin embargo, a través de la línea femenina.
En la segunda mitad del siglo XX, el molinero búho tuvo que abandonar su profesión por motivos de salud y vendió el equipo de molienda y el edificio del molino a dos partes diferentes en 1973. Desde entonces, el molino se utiliza como residencia privada.
